iOS 9.3 narobił sporo problemów użytkownikom w chwili swojej premiery, 21 marca. Urządzenia z tą aktualizacją miały problemy z odczytywaniem linków do stron internetowych. Urządzenia były narażone na zacinanie się, a nawet całkowite zawieszanie się podczas klikania w linki. 

Problem ten rozwiązuje najnowsza łatka o numerze 9.3.1, która wyląduje na iPhonach, iPadach oraz na iPodach touch. Aktualizacja ma za zadanie jedynie naprawić wymieniony błąd, nie dostaniemy wraz z nią żadnych nowych funkcji czy aplikacji.